چندین رنگ مختلف وجود دارد که پس از جدا شدن مواد توسط الکتروفورز، می توان از آنها برای تجسم و تصویربرداری از DNA استفاده کرد. در بین بسیاری از گزینه ها ، این پنج رنگ رایج ترین هسنتد، از ابتدا با اتیدیم برمید شروع می شود، که بیشترین کاربرد را دارد. هنگام کار با این فرآیند، مهم است که نه تنها تفاوت بین رنگ ها بلکه خطرات بهداشتی ناشی از آن ها را نیز بدانید.

اتیدیوم بروماید (Ethidium Bromide)

اتیدیم برمید احتمالاً شناخته شده ترین رنگ مورد استفاده برای تجسم DNA است. می توان از آن در مخلوط ژل ، بافر الکتروفورز یا برای رنگ آمیزی ژل پس از اجرا استفاده کرد. مولکول های رنگ به رشته های DNA چسبیده و فلورسانس را تحت تابش اشعه ماوراء بنفش ساطع می کنند، و دقیقاً مشخص می کند که باندها در ژل واقع شده اند. علیرغم مزیت های آن، نکته منفی این است که اتیدیم برمید یک ماده سرطان زا بالقوه است، و بنابراین باید با احتیاط زیادی به آن پرداخت.

سایبرگلد (SYBR Gold)

سایبرگلد برای رنگ آمیزی DNA دو لایه یا تک رشته یا رنگ آمیزی RNA قابل استفاده می باشد. SYBR Gold به عنوان یکی از اولین گزینه های جایگزین اتییدیم برمید در بازار وارد شد و حساس تر به نظر می رسد. این رنگ پس از اتصال به اسیدهای نوکلئیک، ۱۰۰۰ برابر افزایش اشعه ماوراء بنفش UV را نشان می دهد. همچنین در ژل های آگارز ضخیم و با درصد های بالا نفوذ می کند و در ژل های فرمالدئید قابل استفاده است. از آنجا که فلورسانس مولکول متصل نشده بسیار کم است، نیاز به مرحله رنگ بری نمی باشد. پروب های مولکولی دارنده مجوز همچنین توسعه داده و به بازار عرضه شدند (از زمان عرضه SYBR Gold) SYBR Safe و SYBR Green که جایگزین های مطمئن تری برای اتیدیم برمید هستند.

سایبرگرین (SYBR Green)

رنگ های SYBR Green I و II ( که توسط پروب های مولکولی به بازار عرضه می شود) برای اهداف مختلف بهینه شده اند. از آنجا که آنها به DNA متصل می شوند، هنوز هم موتاژن های بالقوه محسوب می شوند و به همین دلیل باید با دقت رفتار کرد. SYBR Green I برای استفاده با DNA دو رشته حساس تر است، از طرف دیگر SYBR Green II برای استفاده با DNA یا RNA تک رشته ای بهتر است. این رنگ ها مانند اتیدیم برمید محبوب، تحت تابش نور اشعه ماوراء بنفش قرار فلورسنس میکنند. هر دو SYBR Green I و II توسط سازنده توصیه می شود برای تشخیص ۱۰۰ پیکو گرم RNA یا DNA تک رشته ای در هر باند از فیلتر های “فیلم ۲۵۴ نانومتری اپی اشراق Polaroid 667 فیلم سیاه و سفید و یک فیلتر عکاسی از رنگ آمیزی ژل SYBR Green” استفاده شود.

SYBR Safe

SYBR Safe به عنوان جایگزینی مطمئن تر برای اتییدیم بروماید و سایر رنگ های SYBR طراحی شده است. به عنوان زباله خطرناک محسوب نمی شود و به طور کلی می توان از طریق سیستم های فاضلاب منظم دفع شود، زیرا آزمایش سمیت نشان می دهد که هیچ سمیت حادی وجود ندارد. آزمایش همچنین نشان می دهد که در سلول های همستر جنین (SHE) ، لنفوسیت های انسانی، سلول های لنفوم موش یا در آزمایش AMES میزان سمیت ژنی کمی وجود دارد یا وجود ندارد. رنگ را می توان با یک ترانس لومینیتورنور آبی استفاده کرد که باعث تخریب کمتر DNA می شود و برای کلونینگ بعدی راندمان بهتری می دهد.

Eva Green

Eva Green یک رنگ فلورسنت سبز است که به نظر می رسد واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) را به میزان کمتری نسبت به سایر رنگها مهار می کند. این ویژگی باعث می شود آن را برای برنامه های کاربردی مانند RT-PCR بسیار مفید باشد. همچنین اگر از ژل هایی با نقطه ذوب کم برای بهبود DNA استفاده می کنید انتخاب خوبی است. در دماهای بالا بسیار پایدار است و به خودی خود دارای فلورسانس بسیار کمی است، اما هنگام اتصال به DNA بسیار فلورسانس است. همچنین مشخص شده است که اوا گرین از نظر سمیت سلولی یا جهش زایی بسیار کم یا فاقد آن است.