ضد عفونی و گندزدایی پس مانده ها و فضولات آزمایشگاه کشت سلول ، سـطوح کـار و تجهیـزات در کـاهش خطرات اهمیت بسزایی دارد. بطور کلی عوامل ضد عفونی کننده به چهـار گـروه تقسـیم مـیشوند که در زیر بطور خلاصه به هر کدام اشاره می شود:
۱٫ هیپوکلریت ها مثل آب کلره و آب ژاول: هیپوکلریت ها محلـول هـای ضـد عفـونی کننده خوبی برای مصارف عمومی بوده و روی ویروس ها نیـز مؤثرنـد. بـا توجـه بـه اینکه این عوامل روی فلزات اثرات خورندگی دارند، برای ضد عفـونی سـطوح فلـزی مثل سانتریفیوژها استفاده نمی شوند. هیپوکلریت ها در غلظت ۱۰۰۰ ppmبرای پاک کردن سطوح کار و در غلظت ۲۵۰۰ ppmبرای ضد عفونی پس مانده هـای کشـت و قطرات پاشیده شده از محیط کشت سلولی استفاده می شوند. هنگام ضد عفونی اتـاق یا هودها با بخار فرمالدئید ابتدا بایستی بطور کامل هیپوکلریت را از سطوح کار پاک نمود، زیرا فرمالدئید با آن واکنش داده و محصولات سرطان زا تولید می کند.
۲٫ الکل ها مثل اتانول و ایزوپروپانول: الکلهای خالص اغلب خاصیت ضدعفونی کننـدگی ندارند بلکه باعث فیکس شدن میکروبها می شـوند. لـذا معمـولاً آنهـا را بـه نسـبت مناسبی با آب مقطر رقیق نموده و استفاده می کنند. اتـانول در غلظـت ۷۰درصـد و ایزوپروپــانول در غلظــت ۶۰-۷۰درصــد ضــد عفــونی کننــده انــد، الکــل باعــث دهیدراتاسیون و فیکساسیون عوامل عفونی بخصوص باکتری ها می شود. ایزوپروپانول خاصیت ویروس کشی ندارد و اتانول فقط روی ویروس های پوشش دار مؤثر است و روی ویروس های بدون پوشش تأثیری ندارد.
۳٫ آلدئیدها مثل فرمالدئید و گلوتارآلدئید: آلدئیدها محرک پوست بوده و باعث سوزش و حساس تر شدن پوست می شوند، لذا استفاده محـدودی دارنـد، بطوریکـه فقـط در مواردی که امکان استفاده از هیپوکلریت ها نیست، از جمله هنگام تمیز کردن سطوح فلزی می توان از گلوتارآلدئید استفاده نمود.
۴٫ فنولیک ها مثل هایکولین: این عوامل نیز روی ویروس ها مؤثر نیسـتند، لـذا کـاربرد زیادی در ضد عفونی کردن آزمایشگاه کشت سلول ندارند.