برای مشاهده نمونه‌ها روی ژل، هنگام قراردادن آن‌ها درون چاهک، از رنگ‌های قابل‌مشاهده با نور UV مانند DNA safe stain  استفاده می‌شود. البته درگذشته، از اتیدیوم بروماید برای رنگ‌آمیزی استفاده می‌شد، اما به دلیل سمی و جهش‌زا بودن آن‌ها، کار با آن‌ها در آزمایشگاه‌ها ممنوع اعلام شد و رنگ DNA برای ژل جایگزین اتیدیوم بروماید شد.