توضیحات

پرایمر Primer یا الیگونوکلئوتید Oligo nucleotide در زبان فارسی به معنای آغازگر می باشد که در زیست شناسی مولکولی به رشته‌ای از نوکلئیک اسید گفته می‌شود که برای آغاز همانندسازی DNA/RNA به‌کار می‌ رود. جهت کارهای تحقیقاتی معمولا بصورت سفارش سنتز توالی آماده می شوند . اما جهت برخی از کارهای تشخیصی و تحقیقاتی نیز پرایمرهای آماده مانند پرایمر BHQ-3 که اختصاصی توالی ویژه ای می باشد استفاده می شود.

BHQ-3 به عنوان یک خاموش کننده (یک کروموفور غیر فلورسنت) طبقه بندی می شود و به عنوان یک نیمه خاموش کننده در انواع پروب های تشخیص DNA با روش FRET استفاده می شود. BHQ-3 عمدتاً در سنجش مقدار اسید نوکلئیک ها و در مطالعات ساختاری آنها استفاده میشود.

BHQ-3 دارای حداکثر جذب 672 نانومتر و محدوده جذب موثر 620-730 نانومتر است. BHQ-3، از نظر شیمیایی کمتر پایدار است و در صورت قرار گرفتن در معرض سنتز اولیگو و شرایط محافظت‌زدایی (deprotection) برای مدت طولانی، مانند هنگام سنتز یا پردازش الیگوس‌های طولانی‌تر، تخریب می‌شود.

ساختار پرایمر از تکرار بازهای آدنین ، گوانین ، سیتوزین و تیمین می باشد. توالی پرایمر Forward باید شبیه به ´ 5 ژن مورد نظر و توالی پرایمر Reverse مکمل معکوس انتهایˊ3 ژن می باشد.

تعیین طول آغازگر، یک فاکتور بسیار موثر در واکنش PCR محسوب می‌شود. طول مناسب آغازگر باید بین 18 تا  26 نوکلئوتید باشد. هر چند گاهی به علت متفاوت بودن درصد (GC Content) GC در دو طرف ژن، طول آغازگرها را حتی تا 50 نوکلئوتید افزایش می‌دهند و یا خیلی کوتاه می‌کنند. همچنین در هنگام طراحی آغازگر، باید به این نکته
توجه نمود که تفاوت طول پرایمر رفت و برگشت بهتر است بیش از سه نوکلئوتید در نظر گرفته نشود.

دمای ذوب (TM) دمایی است که در آن نیمی از آغازگرها به منطقه هدف می‌چسبند و این دما می‌تواند بهعنوان
شاخصی از دمای مرحله اتصال (Annealing Step) در PCR در نظر گرفته شود. دمای اتصال برای یک جفت آغازگر در یک واکنش PCR به طور معمول 50 تا 62 درجه سانتیگراد در نظر گرفته می‌شود.

کلید موفقیت در فرآیند PCR طراحی و ساخت یک آغازگر مناسب است. دانستن نکات لازم در رابطه با ساخت آغازگر، امری مهم تلقی می‌شود. پارامترهای گوناگونی بر روی کیفیت آغازگر تاثیر گذارند که از مهم‌ترین این موارد می‌توان به طول آغازگر، دمای ذوب، میزان GC، انتهایˊ 3 آغازگر، انتهایˊ 5 آغازگر، تشکیل آغازگردایمر، تشکیل حلقه و ساختارهای سنجاق سری اشاره نمود. پس از طراحی توالی آغازگر، با نرم افزارهای مختلف، می‌توان بصورت دستی این موارد را در حالت بهینه تنظیم کرد.

معرفی تامیین کنندگان پرایمر BHQ-3

در حال حاضر پرایمر BHQ-3 از برند سیناکلون موجود می باشد. جهت استعلام سایر برندهای ایرانی و وارداتی این محصول با شرکت تماس بگیرید.

شرایط نگهداری پرایمر BHQ-3

پرایمر BHQ-3 بصورت لیوفیلیزه می باشد و در دمای اتاق نگهداری می شود. اما پس از رقیق سازی آن باید در20- نگهداری شود.

نکات مهم در طراحی پرایمر

• دو پرایمر، می‌بایست Tmهای یکسان یا مشابه داشته باشند و این دما، باید ترجیحاً از Tm رشته الگو بیشتر باشد (تا در دمایی که رشته الگو هنوز تک‌رشته‌ای است، پرایمرها به مکمل خود متصل شوند).

• پرایمرها باید در هیچ یک از دو انتهای 5′یا 3′، یا دست کم در سر 3′ دارای ساختارهای ثانویه نباشند و دیمر تشکیل ندهند. در صورت وجود چنین ساختارهایی به G△ آن توجه شود.
•  از آنجا که انتهای 3′پرایمر، گروه هیدروکسیل آزاد را در اختیار آنزیم پلیمراز قرار می‌دهد، در طراحی پرایمر، این بخش، در مقایسه با 5′ همواره اهمیت بیشتری دارد.

• نوکلئوتیدها باید به طور کلی، از پراکنش یکسانی در طول پرایمر برخوردار باشند. اما ترجیحاً سر 3′ غنی از GC (یا GC-Rich) باشد تا اتصالات محکم‌تری را با الگو برقرار کند.
• پرایمرها، ترجیحاً نباید در هیچ بخشی از توالی‌شان با خود یا پرایمر دیگر، مکمل باشند تا از ایجاد دیمرهای پرایمری جلوگیری شود.
• برای جلوگیری از تشکیل باندهای غیراختصاصی، پرایمرها ترجیحا نباید در هیچ بخشی از توالی خود، با بخش‌های دیگری از محتویات دربرگیرنده الگو، مکمل باشند. در صورت وجود چنین ساختارهایی به G△ آن توجه شود.
• احتمال تشکیل باندهای غیراختصاصی و دیمرهای پرایمری را می‌توان با انجام BLAST در پایگاه NCBI بررسی کرد.