روش آماده‌سازی الیگونوکلئوتیدهای ساخت شرکت سیناکلون

الیگونوکلئوتیدهای تولیدی شرکت سیناکلون به صورت لیوفلیزه عرضه می‌شوند. در حالت طبیعی ممکن است بعضی از آنها رسوب قابل تشخیصی نداشته باشند و همچنین ممکن است بعضی به راحتی در بافر حل نشوند. در طی فرآیند حمل و نقل ممکن است رسوب الیگونوکلئوتید از ته ویال جدا شود، پس تاکید می‌شود قبل از گشودن درب ویال، به مدت 5 ثانیه اسپین شود تا تمام محتویات داخل آن ته نشین گردد.

برای رقیق‌سازی الیگونوکلئوتیدها از بافر TE (Tris 10 میلی مولار، EDTA  1 میلی‌مولار PH:8، Cat.No:EP5071) یا آب استریل 7=pH استفاده شود. توجه شود برای نگهداری به مدت طولانی استفاده از آب پیشنهاد نمی‌شود. آب DEPC و همچنین آب با PH اسیدی کمتر از 5 نیز برای اغلب الیگونوکلئوتیدها نامناسب هستند و در این شرایط الیگونوکلئوتیدها به‌تدریج تخریب می‌شوند. در حالت لیوفیزه، می‌توان ویال الیگونوکلئوتید را در دمای اتاق برای مدت یک ماه نگهداری کرد.

الیگونوکلئوتید محلول شده را اما می‌توان درون یخچال (2 تا 8 درجه سانتی‌گراد) برای مدت شش ماه نگهداری کرد. نیز به‌منظور اطمینان از پایداری، شرایط نگهداری طولانی‌مدت در هر غلظتی، دمای فریزری (منفی 15 تا منفی 25 درجه سانتی‌گراد) می‌باشد. پیشنهاد می‌شود به‌منظور جلوگیری از کاهش نیمه‌عمر، استوک اصلی الیگونوکلئوتید در ویال‌های جداگانه تقسیم‌بندی و نگهداری شود و تا زمان الزام به استفاده از حالت انجماد خارج نشود.

نحوه ساخت غلظت 100 میکرومولار الیگونوکلئوتید با استفاده از اطلاعات موجود در برگه اطلاعات فنی الیگونوکلئوتید به شرح زیر می‌باشد:

عددی که در ستون شماره 7 آورده شده است نشانگر میزان آب یا بافر TE است که باید به وبال اضافه شود تا غلظت 100 میکرومولار حاصل گردد و به‌طورکلی معادل 10 برابر مقدار غلظت نانو مول الیگونوکلئوتید می‌باشد. سپس ویال را به مدت 5 ثانیه ورتکس کرده تا پرایمر خوب مخلوط شود.

در اکثر کاربردها، پس از آماده‌سازی غلظت 100 میکرومولار، از آن غلظت 10 میکرومولار تهیه می‌شود. به این صورت که برای مثال به 10 میکرولیتر الیگونوکلئوتید، 90 میکرولیتر آب یا بافر TE اضافه می‌شود. در اغلب واکنش‌های PCR 20 میکرولیتری غلظت نهایی 0.5 میکرومولار را ایجاد می‌کند.