پروتوکل, علمی و آموزشی

الکتروفورز مجازی

الکتروفورز ژل یک روش آنالیز است که در کلیه رشته های علوم زیستی اجرا می شود. نتایج الکتروفورز ژل نشان دهنده اندازه نسبی قطعات است که برای نقشه برداری محدود و تحلیل قطعات PCR مفید است. روش استاندارد الکتروفورز که توسط الوین رینا و در مقاله bitesizebio توضیح داده شده است ، از یک جریان الکتریکی برای جابجایی مولکولهای باردار در داخل  ژل ساخته شده از آگار یا پلی آکریل آمید استفاده می کند. در فرآیندی به شکل غربال ، قطعات بزرگتر به آرامی از طریق ژل حرکت می کنند در حالی که قطعات کوچکتر با حرکت راحت تر در منافذ ژل سریعتر عبور می کنند. بنابراین ، قطعات به ترتیب طول و به شکل نردبان باند های مشخصی تشکیل می دهند.

Genome Compiler یک ابزار ژل مجازی را معرفی کرده است ، که می توانید شبیه سازی آنلاین الکتروفورز ژل روی پلاسمیدهای خود که در نرم افزار طراحی شده اند، اجرا کنید. سپس می توانید ژل مجازی را به عنوان تصویر ذخیره کنید و از آن برای مقایسه الکتروفورز ژل فیزیکی توالی هضم شده خود با نتایج شبیه سازی شده استفاده کنید تا در صورت وجود هرگونه خطا در آزمایش فیزیکی بررسی شود.

اجرای یک شبیه سازی ژل دراین وبسایت بسیار ساده است. پس از انجام آزمایش کلونینگ مجازی، آیکن “digest” را در نوار ابزار انتخاب کنید.

در قسمت مشخص شده  “Run digest”  می توانید آنزیم های محدود کننده خود را از لیستی از گزینه های از پیش تعیین شده انتخاب کنید. شما می توانید لیست را براساس معیارهای خاصی مانند الگوی برش ، سازگاری و تعداد و محل برش ها فیلتر کنید.

Snapgene یک نرم افزار بسیار کاربردی و آسان برای آنالیز های مولکولی می باشد که با وارد کردن توالی اسید نوکلئیک مورد نظر و همچنین بررسی جایگاه های برش توسط آنزیم های محدود کننده قطعات حاصل از برش آنزیمی را با طول مشخص و همچنین به صورت شماتیک بر روی ژل مشخص می کند. 

برای اجرای الکتروفورز مجازی در این نرم افزار پس از وارد کردن توالی اسیدنوکلئیک، از قسمت “Actions” قسمت “Simulate Agarose Gel”  را انتخاب کنید. فرمت توالی خود را در شکل های Map/Sequence میتوانید مشاهده کنید که در شکل با شماره مشخص شده است. توالی و آنزیم برشی را انتخاب و در قسمت های نشان داده شده در شکل وارد کنید تا قطعات حاصل در ژل سمت چپ نشان داده شود. با استفاده از آیکون “Duplicate” میتوانید چاهک مربوط به قطعه را دو برابر کنید.

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *