در حال حاضر ، ده ها منبع تجاری برای پلیمرازهای DNA PCR وجود دارد که نسخه های مختلفی از انواع مختلف آنزیم ها را ارائه می دهند. متداول ترین انواع آنزیم های مقاوم به دما که برای PCR استفاده می شود پلیمراز Taq ، Pfu و Vent DNA هستند. DNA پلیمراز Taq ، از T. aquaticus جدا شده در چشمه های آب گرم و سایر محیط های حرارتی، رایج ترین آنزیم PCR است و دارای بیشترین انواع تجاری در دسترس است.

PfuDNApolymerase از Pyrococcus furiosus ، یک hyperthermophile Archaea است که در دریچه های عمیق اقیانوس یافت می شود و در آن دمای هوا می تواندبیشتر از 100◦C باشد.

Vent پلیمراز ، همچنین با عنوان پلیمراز Tli شناخته می شود ، در اصل از Thermococcus litoralis است که همچنین از دریچه های حرارتی عمیق اقیانوس بدست می آید.

تمام این پلیمرازهای DNA وظیفه تکثیر DNA دارند اما دارای ویژگیهای عملکردی هستند که بین آنها متفاوت است.و شامل فعالیتهای دیگری مانند اگزونولاز 3 → 5 می باشد که می تواند باعث بهبود و پایداری تکثیر DNA به طور قابل توجهی شود.

این فعالیت اجازه ویرایش با استفاده از برش نوکلئوتیدهای ناسازگار که در ابتدا توسط پلیمراز گنجانیده شده بودند. بنابراین ، میزان خطا در اختلاط نادرست یک نوکلئوتید در طول سنتز DNA از PCR بطور قابل توجهی کاهش می یابد ، و در نتیجه بهبود پایداری همانندسازی DNA است. لیست جزئی از خواص آنزیمهای اصلی PCR در جدول زیر نشان داده شده است.

	DNA Polymerase
	*Taq*	*Vent/Tli* (Pfu is similar)**
Half-life @ 95◦C	∼90 min	∼420 min
3_→5_ Exonuclease	No	Yes
5_→3_ Exonuclease	Yes	No
Extension rate (nt/sec)	75	>80
Error rate (errors/bp)	2 × 10−5	4× 10−6
Resulting ends	3_ A	>95% blunt
Example application	Standard amplification of target sequences	Target amplification for cloning blunt-ended fragments requiring DNA sequence fidelity

پلیمرازهای PCR Hot-Start به کلاسی ازسیستمهای DNA پلیمراز اصلاح شده که تا زمان شروع بالاترین دمای ترموسایکل حرارتی PCR غیرفعال باقی می مانند ، اشاره دارند. اگرچه پلیمرازهای DNA قابل ملاحظه عملکرد بهینه در دماهای بالا دارند ، اما هنوز هم مقدار قابل توجهی از فعالیت آنزیم در دماهای محیط وجود دارد ، بنابراین امکان وقوع شروع ناخواسته را فراهم می کند. در حین راه‌اندازی PCR ، مخلوط واکنش PCR معمولاً در معرض دمای کمتر از شرایط بهینه annealing پرایمر قرار دارد که امکان ایجاد هیبریداسیون خاص با توالی هدف در نظر گرفته شده را دارد. درجه حرارت پایین تر شرایط سخت تر هیبریداسیون را ایجاد می کند. علاوه بر این ، آغازگرها همچنین ممکن است ساختارهای ثانویه را تشکیل دهند یا به یکدیگر متصل شوند و محصولات “پرایمر-دایمر” را ایجاد کنند.