دانشمندان اغلب تحقیقات خود را با دانستن توالی DNA ارگانیسم هایی که علاقه مند به مطالعه آنها هستند، شروع می کنند. با توجه به توالی شناخته شده DNA، آنها به راحتی می توانند یک پرایمر کوتاه را طراحی کنند ، که می تواند برای انجام کارهای مختلفی مورد استفاده قرار گیرد.اصطلاح “الیگونوکلئوتید” یا “الیگو” معمولاً به یک DNA یا RNA ساخته شده آزمایشگاهی اشاره دارد. الیگونوکلئوتیدها در بیوشیمی ، بیولوژی ، تشخیص مولکولی ، ژنومیک و سایر آزمایشات بیولوژی مولکولی مورد استفاده قرار می گیرند.

تعریف پرایمر : پرایمر Primer یا الیگونوکلئوتید Oligo nucleotide در زبان فارسی به معنای آغازگر می باشد که در زیست شناسی مولکولی به رشته‌ای از نوکلئیک اسید گفته می‌شود که برای آغاز همانندسازی DNA/RNA به‌کار می‌ رود. ساختار پرایمر از تکرار بازهای آدنین ، گوانین ، سیتوزین و تیمین می باشد.

کاربرد های رایج استفاده از الیگونوکلئوتید ها(oligos) :

برخی از کاربردهای رایج برای الیگونوکلئوتید ها عبارتند از:

-آزمایشات تشخیصی بیماری های ژنتیکی مانند سرطان پستان یا فیبروز کیستیک.

– آزمایشات تشخیصی بیماری های عفونی مانند هپاتیت ، ایدز.

– تحقیق در مورد کشف داروهای جدید یا درمان انواع بیماری ها.

– تولید محصولات کشاورزی ایمن و فراوان.

کنترل کیفی الیگو در شرکت biosyn:

کنترل کیفیتی بخش اساسی در هر فرآیند سنتز الیگونوکلئوتیدها می باشد .تمام معرف های مورد استفاده در آزمایشگاه BSI از تأمین کنندگان معتبری تهیه می شوند و هر قطعه بطور گسترده قبل از استفاده با Quality Control (QC) بررسی می شوند.

برای کنترل راندمان جفت شدگی ، پایش trityl آنلاین ، همه الیگونوکلئوتیدها با دقت در هر چرخه بررسی میشوند. پس از سنتز ، تمام کمیت الیگونوکلئوتیدها با اندازه گیری چگالی نوری (OD260) تجزیه و تحلیل می شوند. همه الیگونوکلئوتیدهای اصلاح شده توسط طیف سنجی جرمی MALDI-TOF و بررسی خلوص ، توسط PAGE یا HPLC کنترل می شوند.

https://www.biosyn.com/index.aspx

بررسی کیفیت سنتز پرایمر در شرکت generi biotech :

دو روش، MALDI – TOF اسپکتومتری و آنالیز HPLC به طور معمول برای بررسی کیفیت اُلیگونوکلئوتیدهای تولید شده در شرکت generi biotech استفاده می شوند.

– جرم اسپکتومتری MALDI-TOF : MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/ionization) یک روش تحلیلی مبتنی بر یونیزاسیون لیزر از آنالیت (الیگونوکلئوتید) مولکولی با پشتیبانی از مواد ماتریس هستند. آنالیز کردن طیف جرمی اجازه می دهد تا مقایسه بسیار دقیقی از جرم مولکولی پیش بینی شده و جرم مولکولی واقعی و همچنین شناسایی نسبی ناخالصی های مربوطه انجام شود. این امکان ارزیابی کیفیت بسیار قابل اطمینانی از یک توالی مصنوعی را فراهم می کند.
۲) – آنالیز HPLC: آنالیز HPLC کیفیت الیگونوکلئوتید را بر اساس بزرگی بار منفی مولکولی آن ارزیابی می کند. کروماتوگرام حاصل ، وجود زنجیرهای ناقص مربوطه و سایر محصولات سنتز شده نامطلوب را نشان می دهد. در صورت وجود oligos علامتگذاری شده (labelled ) یا به صورت دیگری اصلاح شده ، کروماتوگرام وجود زنجیره های بدون علامتگذاری را نشان می دهد.

https://www.generi-biotech.com/oligo-quality-control/

بررسی کیفیت سنتز پرایمر در شرکت sigmaaldrich :

* الزام کیفیت الیگونوکلئوتید سایت sigmaaldrich : کیفیت، جزئی جدایی ناپذیر فرآیند تولید شرکت است ، همانطور که در شکل ۱ مشخص شده است. ما تمام الیگونوکلئوتیدها را با طیف سنجی جرمی ، مورد آنالیز قرار می دهیم. از روشهای مکمل مانند کروماتوگرافی و الکتروفورز نیز می توان برای تأیید مشخصات استفاده کرد. سرمایه گذاری قابل توجه ما در تجهیزات پیشرفته تحلیلیه ابزارهای پیشرو در صنعت ، ما را برای توسعه و نظارت بر فرایندهایمان کمک می کند. اما داشتن ابزار مناسب تنها نیمی از راه حل است – تیم ما از شیمی دانان تحلیلی ، زیست شناسان مولکولی و دانشمندان اسید نوکلئیک چیزی است که واقعاً ما را از همه جدا می کند.

مواد اولیه و شیمی (Starting Materials & Chemistry):

مواد اولیه خام از درون منبع گرفته شده است و عبارتند از: فسفر آمیدیت ها ، solid – فاز سنتزهای حمایتی، معرف ها و حلال ها. پس از دریافت مواد اولیه مهم ، کنترل کیفی ورودی انجام می شود و می تواند شامل آنالیز محتوای آب (تیتراسیون کارل فیشر) ، شناسایی فسفر آمیدیت ، تأیید پشتیبانی مناسب و پذیرش مبتنی بر گواهی تحلیلی ، باشد.

پروتکل های شیمی بهینه شده اند برای اطمینان از >99.0% بازده جفت ساز برای هر یک از نوکلئوتید اضافه شده در طول سنتز . پروتکل ها به طور دقیق تنظیم شده اند تا هم الیگونوکلئوتیدهای کوتاه (<35 mer) و هم بلند (>110 mer) تولید شوند.

ابزار دقیق و سنتز (Instrumentation & Synthesis):

تیم مهندسی داخلی شرکت شامل متخصصان مکانیکی ، برقی و نرم افزاری هستند که تجهیزات سنتزی و پردازشی اختصاصی را طراحی و واجد شرایط می کنند. این ابزارها از طریق یک فرایند بررسی طراحی تعیین شده ، و همچنین صلاحیت نصب ، صلاحیت عملیاتی و صلاحیت فرآیند ی (IQ / OQ / PQ) واجد شرایط هستند. LIMS به طور مداوم پیشرفت هر الیگونوکلئوتید را در real-time نظارت می کند و محصولات غیر هماهنگ را برای قرنطینه کردن(quarantine )پرچم دار می کند.

تایید شناسایی توالی توسط طیف سنجی جرمی:

*توالی های کوتاه (تشکیل شده توسط جفت ساز ناقص ، به عنوان مثال N-1 ، ۲ ، و غیره) ، که گاهی اوقات “shortmers” نامیده می شوند.

*توالی های حذفی (ایجاد شده توسط جفت ساز شکسته در نیمه – ترکیبی) ، همچنین به عنوان shortmers شناخته می شوند

*دفع Depurination (شکافت ناخواسته هیدرولیتیک آدنین و گوانین) از نوکلئوزیدهای [ریبو] مربوطه

* ترکیب های افزایشی Acrylonitrile (در طول deprotection شکل می گیرد)

دو نوع MS برای به تحقق یافتن تعهد ما به ۱۰۰٪ کنترل کیفی مورد استفاده قرار می گیرد: MALDI-TOF MS (دفع لیزر به کمک ماتریس / یونیزاسیون time of flight) و ESI-MS (یونیزاسیون electrospray).

تأیید خلوص توسط HPLC تحلیلی:

MALDI-TOF MS و ESI-MS می توانند ارزیابی کیفی از خلوص را ارائه دهند ، در حالی که ارزیابی های کمی توسط RP-HPLC (کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا با فاز معکوس) ، IE-HPLC (کروماتوگرافی مایع با کارایی بالای تبادل یونی) و UPLC (کروماتوگرافی مایع با کارایی فوق العاده) ارائه می شوند.

روشی که استفاده می شود به ماهیت الیگونوکلئوتید و همچنین مشخصات نهایی بستگی دارد.

کمیت توسط طیف سنجی UV

آنالیز siRNA Duplexes: کلیه siRNA ساده توسط MS تجزیه و تحلیل می شوند.

فرمت های سفارشی: فرمت محصول ، مانند صفحات مشخص ، غلظت و میکس پرایمرهای جلو و عقب ، نیاز به مشخصات دقیقی نیاز دارد.

آخرین بررسی: تمام محصولات قبل از بسته بندی شدن تحت معاینه بصری شخصی قرار می گیرند. بازرسی ها اطمینان کامل را به شما ارائه می دهند که محصولات نهایی در فرمت های صحیح ، برچسب گذاری شده ، صحیح و آماده ی استفاده فوری هستند.