پیش از شروع پروتکل دیالیز همانطور که در کار با پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک، اغلب لازم است، مواد با وزن مولکولی کم، که ممکن است در یک مرحله از آزمایش دخالت کند را حذف می کنیم. به طور مشابه، اغلب مطلوب است که پروتئین نمونه را به یک سیستم بافر متفاوت برای کاربردهای پایین دست مانند الکتروفورز، مبادله یون یا کروماتوگرافی جذبی تبدیل کنیم. دیالیز یک روش برای انجام هر دو حذف آلاینده و مبادله بافر برای نمونه های ماکرومولکولی مانند پروتئین است. دیالیز در مطالعه پروتئین ها یک تکنیک جداسازی است که حذف ترکیبات کوچک و ناخواسته را از ماکرومولکول ها در محلول با انتشار انتخابی و منفعل از طریق یک غشای نیمه نفوذپذیری آسان می کند. یک نمونه و یک محلول بافر (نامیده می شود دی دیازیت، معمولا ۲۰۰ تا ۵۰۰ برابر حجم نمونه) در طرف مخالف غشاء قرار می گیرد. مولکول های نمونه ای که بزرگتر از سوراخ غشاء هستند، در سمت نمونه غشا حفظ می شوند، اما مولکول های کوچک و نمک های بافر آزادانه از طریق غشاء عبور می کنند و غلظت این مولکول ها را در نمونه کاهش می دهند. تغییر بافر دیالیز، مولکول های کوچک را که دیگر در نمونه نیستند حذف می کند و باعث می شود که آلاینده های بیشتری نفوذ کنند. به این ترتیب غلظت آلاینده های کوچک درون نمونه می تواند به میزان قابل قبول یا ناچیز کاهش یابد.