PCR مجازی به ابزارهای محاسباتی که برای محاسبه تئوری نتایج واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) استفاده می شود ، با استفاده از مجموعه مشخصی از آغازگرها (پروب) برای تقویت توالی DNA از ژنوم توالی یا رونویسی اشاره دارد. از این ابزارها برای بهینه سازی طراحی آغازگرها برای توالی DNA هدف یا cDNA استفاده می شود.

طراحی آغازگر PCR ،PCR مجازی، مونتاژ الیگونوکلئوتید و ابزارتجزیه و تحلیل PCR ، امکانات کامل و حرفه ای را برای طراحی انواع متنوع روش PCR و ترکیبات آنها فراهم می کند:

standard
multiplex
long distance
inverse
real-time
Xtreme Chain Reaction (XCR)
group-specific (universal primers for phylogenetically related DNA sequences)
unique (specific primers for each from phylogenetically related DNA sequences)
bisulphite modification assays
polymerase extension PCR multi-fragments assembly cloning (OE-PCR)
LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification)

وبسایت های آنلاین بسیاری امکان انجام مجازی PCR . انواع آن و همجنین آنالیز های طراحی پرایمررا فراهم کرده اند که در زیر تعدادی از این وبسایت ها به طور خلاصه معرفی می شوند. همچنین نسخه رایگان نرم افزارSnapGene نیز امکان اجرای مجازی این واکنش را دارد که در زیر معرفی خواهد شد:

بخش Primer blast در پایگاه NCBI که اخیرا به جای لینک e-PCR از این پایگاه هدایت می شود علاوه بر بررسی امکان تکثیر قطعه، بخش طراحی پرایمر را نیز شامل می شود.
در پایگاه craig manning بر اساس توالی داده شده از الگو و پرایمر ها امکان تکثیر قطعه الگو بررسی می شود و نتیجه به صورت یک تصویر مجازی از ژل الکتروفورز نمایش داده می شود.
در وبسایت های زیر در کنار PCR مجازی انواع بسیاری از روش های آنالیز مولکولی نیز بررسی می شود که با انتخاب گونه مورد بررسی و وارد کردن توالی پرایمر ها قابل اجرا می باشد.

http://insilico.ehu.es/

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr

در وبسایت primerdigital در کنار PCR مجازی انواع بسیاری از روش های آنالیز مولکولی نیز بررسی می شود که با انتخاب گونه مورد بررسی و وارد کردن توالی پرایمر ها قابل اجرا می باشد.
نرم افزار SnapGene یک نرم افزار بر پایه ویندوز ارائه می دهد که امکان تکثیر قطعه الگو را به صورت بسیار پیشرفته بررسی می کند. این نرم افزار نیز در صورت وارد کردن توالی مورد نظر به همراه پرایمر ها امکان تکثیر قطعه مورد نظر شما را بررسی کرد و طول آن را مشخص می کند. همچنین بخش طراحی پرایمر نیز دارد که امکانات این نرم افزار به صورت کامل تر در بخش معرفی آن توضیح داده می شود.