در صورت رعایت اصول آسپیتک لازم نیست که همیشه از آنتی بیوتیک های محیط کشت سلولی استفاده شود. رایج ترین آنتی بیوتیک های محیط کشت سلولی مورد استفاده پنی سیلین و استرپتومایسین می باشـند. ایـن آنتی بیوتیک ها معمولاً بصورت مخلوطی از پنی سیلین بمقدار ۱۰۰واحد در میلی لیتر (بـرای جلوگیری از رشد باکتری های گرم مثبت) و استرپتومایسـین بـه مقـدار ۱۰۰ میکروگـرم در میلی لیتر (برای جلوگیری از رشد باکتری های گرم منفی) به محیط کشت افزوده مـی شـود.

می توان آنتی بیوتیک را قبل از فیلتراسیون به محیط اضافه کرد. در صورت لزوم می تـوان از جنتامایسین نیز استفاده کرد که در غلظت ۵۰ میکروگرم در میلی لیتر افزوده می شود و مـی تواند جلوی رشد باکتری های گرم مثبت و گرم منفی را بگیرد. لذا نسـبت بـه پنـی سـیلین و استرپتومایسین طیف وسیع تری دارد. البته باید توجه نمود که حضور آنتی بیوتیک هـا بـرای رشد بعضی از سلول های خاص خاصیت مهار کننده دارد. در صورتی که مواردی از آلـودگی دیده شد می توان از آنتی بیوتیک های با طیف گسترده تر نظیر کاناماسـین و داروهـای ضـد قارچی نظیر آمفوتریسین B نیز استفاده نمود. بطور کلی آنتی بیوتیک ها نبایستی هیچ گونه اثر سمی روی سلول ها داشته باشند.

جدول زیر مقادیر مورد استفاده، عملکرد و نیمه عمـر آنتـی بیوتیک های معمول را نشان می دهد:

نام آنتی بیوتیک	دمای نگهداری	نیمه عمردر ۳۷ درجه سانتی گراد	مؤثر بر روی	غلظت مصرفی	عملکرد
جنتامایسین	۴	۵ روز	باکتری های گرم مثبت و گرم منفی و مایکوپلاسما	۵۰ میلی گرم در لیتر	مهار تولید پروتئین ها
پنی سیلین	۲۰-	۳ روز	بــاکتری هــای گــرم مثبت	۱۰۰،۰۰۰ واحد در لیتر	مهار تولید دیواره سلولی
استرپتومایسین	۲۰-	۳ روز	بــاکتری هــای گــرم مثبت و منفی	۵۰ تا ۱۰۰ میلی گرم در لیتر	مهار تولید پروتئین ها
تایلوزین	۲۰-	۳ روز	بــاکتری هــای گــرم مثبت و مایکوپلاسما	۶ تا ۱۰ میلی گرم در لیتر	مهار تولید پروتئین ها
نیستاتین	۲۰-	۳ روز	مخمرها و قارچ ها	۱۰ تا ۲۰۰ واحد در میلی لیتر	افزایش نفوذ پذیری غشا سلولی