الکتروفورز Laemelli SDS-PAGE برای جداسازی پروتئین با وزن مولکولی نسبی بالاتر از 10 KD استفاده می شود. پروتئین های بسیار کوچک (کمتر از 10 KD) به علت توانایی کم اتصال به SDS، از طریق ژل های گرادیان یا با استفاده از شرایط مختلف الکتروفورز مثل Tricine-SDS-page جداسازی می شوند.

محلول ها را بر اساس جدول زیر تهیه کرده و شیشه های الکتروفورز را اماده می کنیم.
Aps و TEMED محلول را بین دو شیشه تا 1 سانتی متر پایین تر ازشانه ریخته و روی آن متانول میریزیم.
5% را بین دو شیشه میریزیم.
x به غلظت نهایی 1x تهیه شد و به‌آرامی ورتکس شد(بتا مرکاپتو اتانول احیاکننده پیوندهای دی سولفیدی بوده و به خطی شدن پروتئین حاوی سیستئین کمک می‌کند).
°C 95درون بنماری قرار داده شد.
RPM سانترفیوژ شد و رسوب باکتری تهیه گردید.
μl50 درون چاهک تزریق گردید.

جدول – مقادیر موردنیاز برای آماده کردن ژل SDS-PAGE

5%	15%	15%	14%	14%
6.6	5/7	9.3	6/59	10/58	8/23	13/2	H2O
1.7	12/5	20	11/6	18/6	10	16	Acrylamide mix(30%)
–	6/3	10	6/3	10	6/3	10	Tris 1.5 M –PH=8.8
1.5	–	–	–	–	–	–	Tris 1M-PH=6.8
0.1	0.25	0.4	0.25	0.4	0.25	0.4	SDS 10%
0.1	0.25	0.4	0.25	0.4	0.25	0.4	APS 10%
0.01	0/010	0.016	0/010	0.016	0/010	0.016	TEMED
10	25	40	25	40	25	40	Total

مقدار	مواد موردنیاز برای تهیه الکتروفورز بافر1x
3 gr	Tris
14.4 gr	Glycine
1 gr	SDS
1 L	ddHH₂O

مقدار	مواد موردنیاز برای تهیه لودینگ بافر X5
250 mM	(PH:6.8) Tris-HCL
10%	SDS
50%	Glycerol
0.5%	Bromophenol-blue
25mM	b-mercapto ethanol(2ME)
10mL	Total

روش رنگ آمیزی ژل با کوماسی بلو

پس ازخارج کردن ژل از دستگاه الکتروفورز درون محلول رنگ آمیزی گذاشته شد وبه مدت 45 دقیقه روی شیکر قرار گرفت. پس از اتمام رنگ آمیزی ژل با آب مقطر شسته شد مرحله رنگ بری طی دو مرحله 45 دقیقه ای با حجم 100 میلی لیتر رنگ بر روی شیکر انجام گرفت. پس از شفاف شدن زمینه ژل ، ژل با آب مقطر شسته و از ژل عکسبرداری شد.

مواد مورد نیاز	محلول رنگ آمیزی ژل	محلول رنگ بری ژل
کوماسی بلو R250	50 میلی گرم	–
متانول خالص	45 میلی لیتر	45 میلی لیتر
آب مقطر	45 میلی لیتر	45 میلی لیتر
اسید استیک (گلاسیال)	10 میلی لیتر	10 میلی لیتر
حجم نهایی	100 میلی لیتر	100 میلی لیتر