امروزه استخراج RNA با دو روش دستی ( استفاده از ترایزول (TRIzol Reagent) و فنل و کلروفرم ) و کیت استخراج RNA (روش ستونی) امکان پذیر می باشد که در اینجا روش استخراج دستی RNA با استفاده از ترایزول (TRIzol Reagent) و فنل و کلروفرم را مطالعه می کنید زیرا استفاده از کیت های استخراج ستونی RNA بسیار ساده تر و مطابق با دستور العمل کیت می باشد. پیش از مطالعه روش استخراج دستی RNA به وسیله ترایزول (Trizol) و فنل و کلروفرم بهتر است با این پلیمر زیستی بیشتر آشنا شوید.

RNA مولکول زنجیره ای بلند متشکل از واحدهایی به نام نوکلئوتید میباشد که توسط آنزیمی به نام RNA پلیمراز از روی DNA ساخته می شود. RNA نقش اساسی در زندگی سلولی ایفا میکند، که این نقش را می توان در سنتز پروتئین ها دنبال کرد. RNA هم میتواند اطلاعات ژنتیکی را در خود ذخیره کند و هم فرآیند های شیمیایی را کاتالیز کند و انواعی از مولکول های RNA در تنظیم ژن ها از جمله فعال یا خاموش کردن آنها نقش دارند. انواع مولکول های RNA شامل:

mRNA

mRNA یا RNA پیک به صورت تک رشته‌ای است، وظیفه اصلی پروتئین سازی را به عهده دارد و حاوی کدهای ژنتیکی برای ساخت پروتئین می‌باشد. پایداری mRNA کم است بطوری که گاهی پس از دو دقیقه بوسیله RNAase تجزیه می‌شود و به همین دلیل استخراج آن مشکل می‌باشد. گاهی هنوز ترجمه قسمت انتهایی mRNA تمام نشده است که ابتدای mRNA تجزیه می‌شود. ولی در یوکاریوتها با مکانیسمهای خاص پایداری mRNA افزایش یافته است بطوری که گاهی پایداری mRNA در سلولهای یوکاریوت به ۱۰ ساعت می‌رسد.

rRNA

rRNA ها یا RNA های ریبوزومی اصلی‌ترین اجزای تشکیل دهنده ریبوزومها می‌باشند و نام ریبوزوم نیز از ریبونوکلوئیک اسید (RNA) گرفته شده است. RNAهای ریبوزومی نسبت به mRNAها پایدارترند. همچنین پروتئینهای ریبوزومی نیز به آنها متصل می‌شوند و باعث پایداری و عدم تجزیه rRNA ها در مقابل RNase ها می‌شوند. rRNAهای پروکاریوتی شامل ۱۶s ، ۲۳s و ۵٫۸ s و rRNA های یوکاریوتی شامل ۱۸s ، ۲۸s ، ۵s و ۵٫۸s می‌باشند.

tRNA

tRNAها یا RNA های ناقل مولکولهای RNA کوچک،که به طول ۷۵ تا ۸۵ نوکلوئید هستند. وظیفه tRNA انتقال اسید آمینه‌ها به داخل جایگاه خاص ریبوزوم می‌باشد. عملکرد tRNA به این صورت است که از یک طرف یک کد سه تایی روی mRNA را تشخیص می‌دهد و از طرف دیگر نیز اسید آمینه خاص مربوط به این کد سه تایی را حمل می‌کند که به زنجیره پلی پپتیدی اضافه می‌شود، از این رو گفته می شود tRNA عمل اصلی ترجمه در پروتئین سازی را به عهده دارند. در داخل سلولهای مختلف، تعداد متفاوتی از tRNA یافت می‌شود، ولی حداقل ۲۰ خانواده از tRNA ها وجود دارد،که هر خانواده یک اسید آمینه را حمل می‌کند. شکل کلی tRNA به صورت برگ شبدر می‌باشد. اتصال اسید آمینه به tRNA بوسیله آنزیم خاصی به نام آمینو اسیل – tRNA سنتتار انجام می‌شود.

hnRNA

این نوع RNA مخصوص سلولهای یوکاریوت می‌باشد،که در داخل هسته قرار دارند. در داخل هسته ، RNA در ابتدا به صورت رشته‌های حاوی نواحی کد کننده و غیر کد کننده ساخته می‌شود. به نواحی کدکننده اگزون و به نواحی غیر کد کننده ، اینترون گفته می‌شود. این RNA برای تبدیل شدن به mRNA باید فرآیندهای خاصی را پشت سر بگذارد و قسمتهای اینترون آن حذف شود، به این RNA حاوی نواحی اضافی hnRNA گفته می‌شود که پس از اتمام فرآیند اصلاح تبدیل به mRNA می‌شود.

snRNA

snRNA قطعات کوچک RNA هستند، که در داخل هسته وجود دارند و وظایف مختلفی را به آنها نسبت می‌دهند. گروهی معتقدند که این RNA ها همان پرایمرهای شروع همانند سازی RNA در سلول هستند و گروهی دیگر عمل دخالت در فرآیند اصلاح RNA را به آنها نسبت می‌دهند. گروهی نیز این قطعات را حاصل از اینترونها می‌دانند.

scRNA

scRNA ها قطعات کوچک RNA موجود در سیتوپلاسم سلول می‌باشند،که مانند snRNA عمل اصلی آنها هنوز مشخص نیست، ولی گروهی از دانشمندان معتقدند که scRNA ها به عنوان قسمتی از بعضی آنزیمها عمل می‌کنند. برای مثال در پروتئین S.R.P وجود دارند.