طراحی پرایمر با نرم افزار gene runner قسمت دوم

در قسمت اول از این بخش پرایمرهای اولیه توسط نرم افزار طراحی شد. علاوه بر پرایمرهای را که خود نرم افزار به ما میدهد خودمان نیز میتوانیم از گزینه آنالیز، oligo را انتخاب کرده و در منو باز شده به جای توالی در کادر بالا توالی مورد نظر خود را دستی وارد کنیم و سپس تمام ویژگیهای پرایمر را بررسی کنیم. در این حالت ساختارهای ثانویه حتما باید بررسی شوند در صورت وجود ساختاری که dG نزدیکی به dG پرایمر داشته باشد یعنی اینکه احتمال ایجاد این ساختار در پرایمر بالا میباشد و باید پرایمر را طوری دیگر طراحی کرد.

Codon frequency

این option سکانس ما را از لحاظ فراوانی کدون های که در ارگانیسم است دسته بندی میکند.

کاربرد آن:

بطور مثال زمانیکه یک توالی از انسان داشته باشیم و بخواهیم آن را درE.coli بیان کنیم از ان استفاده میکنیم چون کدون های که در انسان بکار می رود متفاوت است.

در گزینه آنالیز، نوکلئیک اسید و بعد از آن گزینه codon frequency را انتخاب میکنیم. در منو باز شده  بخش find table  لیستی از موجودات هست، که یک ارگانیسم را انتخاب کرده و ok میکنیم که یک گراف به ما میدهد. که این گراف بیانگر 6 فریم پروتئین است که با          E.coli مقایسه میشود و در مناطقی که عدد 1 و بالاتر از آن باشد یعنی مشابهت داریم اما اگر پایین تر از 1 باشد یعنی توالی متفاوت است و این نواحی را باید تغییر داد تا در کلونینگ مشکل ایجاد نشود.

یکی دیگر از کاربردهای آن این است که توالی از E.coli  را داریم و میخواهیم ORF پروتئین موردنظر را از بین 6 فریم موجود برای یک پروتئین تشخیص دهیم. در نتیجه گرافی که دارای Codon frequency بالایی باشد میتوان بعنوان فریم اما نه 100 % انتخاب کرد.

در نتیجه Codon frequency به ما میگوید که کجای توالی نیاز به تغییر دارد که در کارهای مهندسی ژنتیک دانستن آن بسیار مهم است. همچنین عامل کمک کننده ی برای تشخیص ORF به حساب میآید .

از دیگر امکانات این نرم افزار:

Multiple aligment project:

به این صورت است که ما دو توالی داریم چه در سطح پروتئین یا DNA  فرقی ندارد.این توالی ها را در دو صفحه مجزا کپی کرده است. سپس شکلی را در نوار ابزار بصورت است را باز میکنیم و همان 2 توالی را که مدنظر است در قسمت پایین منو add کرده و سپس ok را میزنیم. مناطقی را که مشترک هستند را بصورت هایلات نشان میدهد. در همان صفحه باز شده روی گزینهSEL ALL و بعد ALIGN کلیک میکنیم. این توالی ها را کنار هم قرار میدهد.

کاربرد آن:

  1. مقایسه دو توالی از موجودات مختلف
  2. در توالی یابی هم کاربرد دارد. مثلا زمانیکه یک قطعه بزرگی را برای توالی یابی به شرکت میفرستیم اکثر اوقات مناطق انتهایی را خوب توالی یابی نمیکنند در نتیجه از انها خواسته میشود که از دو طرف توالی را بخوانند سپس با استفاده از این نرم افزار میتوان کل توالی را با الاین کردن، بطور کامل و دقیق بدست اورد.

*اگر در توالی دنبال یک سکانس خاص باشیم در گزینه edit ، find را انتخاب کرده و توالی را در کادر بالا نوشته و ok میکنیم. سپس توالی را اگر در توالی اولیه ما باشد بصورت هایلات نشان میدهد و اگر جایگاه برش انزیم هم در اینجا وجود داشته باشد آن را نیز نمایش میدهد.

اگر بر روی شکل در نوار ابزار بالای نرم افزار کلیک کنیم ، منوی nucleic acid sequenceباز میشود که آیتمهای متفاوتی از جمله reverse،reverse and complement، …. دارد، که با توجه هدف مورد نظر از هر کدام از ایتم ها میتوان استفاده کرد و تغییر مورد نظر بر روی توالی را اعمال کرد.

لینک های مفید

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد.